Mahlamäki zaproponował budynek, który z zewnątrz ma spokojne, geometryczne kształty, ale zaskakuje niezwykłym wnętrzem. Dynamiczne, dające złudzenie falowania, ściany holu przecinają budynek od wschodniej do zachodniej fasady. To pęknięcie odzwierciedla wyrwę w tysiącletniej historii polskich Żydów.
Fiński architekt mocno osadził swój projekt w otoczeniu. Muzeum zostało skonstruowane na planie kwadratu, który przylega do identycznego kwadratu placu przy pomniku Bohaterów Getta. Sama bryła budynku również powtarza kształty okolicznych domów i pomnika.
Muzeum oferuje podróż przez wieki trasą wyznaczoną przez osiem tematycznych galerii. Fascynująca historia, w niej zabytkowe przedmioty, malowidła, instalacje interaktywne, rekonstrukcje makiety, projekcje wideo. Poznasz ślady pierwszego osadnictwa Żydów w średniowiecznej Polsce oraz XIII-wieczny statut królewski gwarantujący bezpieczeństwo Żydom, wolność osobistą i swobodę wyznania. Nieopodal znajduje się też pomnik Jana Karskiego – emisariusza polskiego państwa podziemnego. Jesienią 1942 roku pojechał do Wielkiej Brytanii, gdzie jako naoczny świadek zdał najwyższym władzom alianckim relację o eksterminacji Żydów.
W muzeum występują znakomici artyści prezentujący całą paletę gatunków: muzykę klasyczną, klezmerską, jazz i rock. W bogatym programie znajdują się także spektakle teatralne, w tym premiery przygotowane przez twórców młodego pokolenia, seanse filmowe, wykłady i debaty z udziałem naukowców i osobistości życia społecznego, spotkania ze Sprawiedliwymi i Ocalałymi oraz warsztaty dla dzieci i dorosłych.